W XVII i XVIII wieku kościół wzbogacił się o liczne elementy wyposażenia, w tym monumentalny ołtarz, który w 1668 roku ufundował , oraz późnorenesansową ambonę z 1637 roku, dar Anny Sophii Barkow, żony burmistrza Wolina. Wnętrze zdobiły liczne płyty nagrobne wolińskich mieszczan i rodziny szwedzkiego generała Kagga, a także obrazy tablicowe, w tym portrety pastorów.
W 1630 roku mistrz ofiarował do świątyni kuty żelazny świecznik ambonowy ozdobiony scenami upadku człowieka, ukrzyżowania i zmartwychwstania. Jeszcze przed wojną w kościele znajdowały się dwa haftowane paramenty liturgiczne z 1668 roku: jedwabny welon kielichowy z przedstawieniem krucyfiksu wraz z Marią, Janem i ośmioma aniołami trzymającymi narzędzia Męki Pańskiej, a także drugie, wykonane techniką haftu płaskiego i aplikacji, ukazujące w centrum św. Jana Ewangelistę.
W połowie XIX wieku stan techniczny budowli był bardzo zły. Według relacji z 1857 roku budowla zaczęła popadać w ruinę. W 1860 roku przystąpiono do remontu, w ramach którego nie uwzględniono dawnych form architektonicznych, zburzono ściany naw bocznych i postawiono nowe neogotyckie wykonane z cegły fabrycznej, a także częściowo przemurowano ścianę wschodnią i przeprowadzono regotyzację budowli.