Przez lata twierdzono, że kościół zniszczony został wskutek działań wojennych w 80 procentach, jednak w roku 1945 wojewódzki konserwator odnotował uszkodzenie dachu i łuków naw oraz zniszczenie wieży, a stopień zniszczeń oszacowano na 50 procent. Do początku lat 50. nie podjęto żadnych działań zabezpieczających, co spowodowało znaczne pogorszenie stanu obiektu. W rezultacie zasugerowano rozbiórkę wschodniego szczytu kościoła, a zakres prac rozbiórkowych rozszerzono na inne ściany. W latach 1952–1953 kuria ordynariatu w Gorzowie Wielkopolskim złożyła wnioski do ministerstwa kultury i sztuki oraz konserwatora wojewódzkiego w Szczecinie o „subwencje na odbudowę lub zabezpieczenie zabytkowego kościoła”. Po odwilży w 1956 roku władze wyznaniowe przekazały całej administracji apostolskiej 73 budowle sakralne, jednak nie zgodziły się na oddanie obiektu w Wolinie. Kościół świętego Mikołaja został wpisany do rejestru zabytków w 1959 roku. Biorąc pod uwagę historyczne aspekty, znaczenie dla regionu oraz negatywny wpływ licznych przebudów na przestrzeni wieków, budowla zakwalifikowana została do drugiej grupy. Władze państwowe planowały, że obiekt posłuży celom świeckim, co pozwoliło im zachować nad nim kontrolę. W połowie lat 60.