28 sierpnia 2003 Jeleń zadebiutował w europejskich pucharach. Zdobył wówczas 2 gole w zremisowanym 2:2 meczu Pucharu UEFA z łotewskim FK Ventspils, które dzięki większej liczbie bramek zdobytych na wyjeździe awansowało do dalszej rundy. W ekstraklasie Jeleń wykazywał się wysoką skutecznością i strzelił 18 goli stając się drugim najlepszym strzelcem ligi po Macieju Żurawskim z Wisły Kraków (20 goli).
W sezonie 2004/2005 Jeleń strzelił 12 bramek w lidze, a 11 września 2004 w meczu z Polonią Warszawa (4:1) zdobył pierwszego hat-tricka w ekstraklasie. Zespół Wisły, dzięki zajęciu 4. miejsca w lidze, zakwalifikował się do Pucharu UEFA 2005/2006. Z pucharu tego Wisła odpadła już po pierwszej rundzie eliminacyjnej po dwumeczu z Grasshopper Club (0:1, 3:2). W pierwszym spotkaniu tych zespołów w Zurychu Jeleń nie wykorzystał rzutu karnego – jego strzał obronił bramkarz Grasshoppers Fabio Coltorti. W rozgrywkach ligowych sezonu 2005/2006 Polak strzelił 7 bramek. W finałowym dwumeczu Pucharu Polski z Zagłębiem Lubin (3:2, 3:1) zdobył dwa gole, a Wisła po raz pierwszy w swojej historii wygrała te rozgrywki. Sezon 2005/2006 był ostatnim dla Jelenia w barwach Wisły. Przez cztery lata rozegrał w niej 100 ligowych meczów, w których strzelił 45 goli.