AJ Auxerre Latem 2006 Jeleń został zawodnikiem francuskiego AJ Auxerre. Kwota odstępnego za transfer definitywny do innego klubu wynosiła 900 tysięcy euro i taką też kwotę Auxerre zapłacił Wiśle Płock. W klubie prowadzonym przez trenera Jacques’a Santiniego zadebiutował 5 sierpnia 2006 w zremisowanym 1:1 domowym meczu z Valenciennes FC. Początek w Ligue 1 nie był dla Jelenia udany i zarówno w 2., jak i 3. kolejce ligowej był rezerwowym. Jednak 9 września 2006 strzelił pierwszego gola w lidze francuskiej w wygranym 2:1 meczu z AS Monaco. Z Auxerre wystąpił w rozgrywkach Pucharu UEFA i dotarł z tym klubem do fazy grupowej. W Pucharze UEFA strzelił łącznie 5 goli: jedną z OFK Beograd (2:1), trzy w dwumeczu z Dinamem Zagrzeb (2:1 i 3:1) oraz jedną z Rangers F.C. (2:2). W Auxerre występował najczęściej jako prawoskrzydłowy, ale grywał również na pozycji napastnika (w ataku najczęściej występował z Danielem Niculae). W sezonie 2006/2007 Jeleń strzelił 10 goli w lidze i został najlepszym strzelcem swojego zespołu.