Na otwarcie roku 2006 dotarła do finału w Gold Coast. Pokonała Martinę Hingis i Tatianę Golovin, przegrywając w finale z Czeszką Lucie Šafářovą. Zarówno w Bogocie, jak i Acapulco była w finałach, obydwa przegrała. Najpierw nie sprostała Dominguez Lino, potem Annie-Lenie Grönefeld. Sezon zakończyła przedwcześnie we wrześniu finałem Pucharu Federacji. Przegrała singlowy pojedynek z Justine Henin-Hardenne, jednak to jej drużyna okazała się lepsza. Wspomniana Belgijka odniosła bowiem kontuzję w rozstrzygającym meczu deblowym i razem z Kim Clijsters zeszły z kortu. Przyczyną absencji tenisistki była kontuzja lewego nadgarstka.
W 2007 roku Pennetta pogorszyła swoją pozycję w rankingu. Opuściła czołową dwudziestkę rankingu WTA, plasując się w okolicach czwartej dziesiątki. Powróciła nawet do rozgrywek ITF. W październiku uzupełniła swoją kolekcję tytułów WTA o trofeum z Bangkoku, gdzie ograła Szachar Pe’er i Venus Williams.
Podczas turnieju WTA w Zurychu udało jej się pokonać (w drugiej rundzie) Jelenę Janković 5:7, 6:3, 6:3.