Kontynuacja wojny domowej i upadek right|thumb|250px|Nadżibullah wręcza medal radzieckiemu żołnierzowi, 1 października 1986 roku W lutym 1989 roku Sowieci wycofali ostatnich żołnierzy z Afganistanu, ale wbrew oczekiwaniom obserwatorów Nadżibullah wciąż utrzymywał się u władzy. ZSRR zachował wsparcie finansowe i zaopatrzeniowe dla AfganistanuBraithwaite, Rodric (2007). Afgantsy: The Russians in Afghanistan, 1979–1989. Indo-European Publishing. s. 296. .. W listopadzie Nadżibullah podał do wiadomości publicznej informację o odpowiedzialności rządu za śmierć 11 tysięcy Afgańczyków w okresie 1978−1979, jednak opozycja zarzucała mu, że jednocześnie przemilczał śmierć ok. 80 tysięcy ludzi, którzy zginęli za jego rządów w tajnej policji, dzięki czemu zyskał przydomek Rzeźnika. W dalszym ciągu mudżahedini otrzymywali wsparcie ze strony Pakistanu i CIA, a celem zbrojnej opozycji było ustanowienie państwa opartego na fundamentalistycznym islamie. Nadżibullahowi początkowo udało się skutecznie zorganizować obronę przeciw mudżahedinom, w 1990 roku prezydent powołał liczącą 100 tysięcy osób milicję, a pod koniec lat 80. liczba funkcjonariuszy sił państwowych wynosiła już 300 tysięcy osóbBraithwaite, Rodric (2007). Afgantsy: The Russians in Afghanistan, 1979–1989. Indo-European Publishing. s. 298. ..