Od 1989 roku jego rząd był zaopatrywany przez Indie, które dążyły do utrzymania go przy władzyIndia to Provide Aid to Government in Afghanistan.
W styczniu 1992 roku rząd Rosji zakończył swoje wsparcie dla AfganistanuBraithwaite, Rodric (2007). Afgantsy: The Russians in Afghanistan, 1979–1989. Indo-European Publishing. s. 299. ., a sam Nadżibullah coraz bardziej negatywnie wyrażał się o dotychczasowych sojusznikach, ustanawiając nawet nowe święto narodowe – Dzień Ocalenia Narodowego, który odbywał się w rocznicę wycofania się z Afganistanu wojsk radzieckich. 18 marca 1992 roku Nadżibullah ogłosił, że zgodnie z propozycją ONZ przekaże władzę rządowi przejściowemu, ale mimo tych wysiłków 16 kwietnia 1992 roku utracił zaufanie popierających go dotąd generałów, którzy przeszli na stronę oblegających Kabul mudżahedinów. Przy pomocy urzędników ONZ próbował opuścić kraj, jednak zajęcie lotniska w Kabulu przez zbuntowanych żołnierzy uniemożliwiło mu realizację tych planów. Odtąd przebywał na terenie przedstawicielstwa ONZ w Kabulu i mimo próśb ONZ nie otrzymał od nowych władz Afganistanu pozwolenia na bezpieczne opuszczenie kraju. W dniu wkroczenia talibów do Kabulu uciekające z miasta władze proponowały mu wyjazd wraz z rządem do Doliny Pandższiru, jednak Nadżibullah obawiając się, że to podstęp odmówił.