Reformator mały|Ambona św. Jana Kapistrana (fragment), Katedra św. Szczepana w Wiedniu Gdy Jan z Kapistranu nie głosił kazań, układał traktaty teologiczne przeciwko współczesnym mu herezjom. Ten okres życia świętego został bogato udokumentowany przez współczesnych mu biografów: Mikołaja z Fary, Krzysztofa Varese i Hieronima z Udine. Święty angażował się również u boku Bernardyna ze Sieny w przeprowadzaniu reformy swojego zakonu. Chodziło przede wszystkim o zmiany w ostrzejszym przestrzeganiu reguły i innych aktów prawnych wspólnoty minoryckiej. W ramach propagowania reformy zakonnej w grudniu 1436 uzyskał dla Trzeciego Zakonu prawo organizowania się w regularne wspólnotySensi M., Vincende del T.O.R. nella Valle Spoletana, [w:] „Analecta T.O.R., 129, 1978, s. 50.. Głosił następnie ideę Trzeciego Zakonu na terenie Czech i Polski, czego owocem było powstanie zakonu bernardynek. W 1437 Jan Kapistran asystował przy tzw. koletańskiej reformie ubogich klarysek w FerrarzeHermann A., Capistranus triumphans seu historia fundamentalis de Sancto Joanne Capistrano... insingni regularis observantiae propagatore, Coloniae 1700, s. 216.. Kapistran wzorował się także na Bernardynie ze Sieny w szerzeniu kultu Najświętszego Imienia Jezus.