Gdy Bernardyn wraz z innymi franciszkanami został oskarżony przed komisją papieska o bałwochwalcze wzywanie imienia Jezus w jego obronie stanął Jan Kapistran, w wyniku czego kult Najświętszego Imienia Jezus uzyskał papieskie zatwierdzenieHofer J., Johannes von Capistrano, Innsbruck 1936, s. 121.. Święty Jan z Kapistranu był często wysyłany jako ambasador papieski przez papieży Eugeniusza IV i Mikołaja V. Do najbardziej znanych misji papieskich Jana z Kapistranu należą: misja do Mediolanu i Burgundii w charakterze legata papieskiego w 1439, do króla Francji w 1446, do Austrii w 1451. Jako nuncjusz apostolski odwiedził wszystkie części imperium potępiając ruch husycki. Głosił także kazania przeciwko Żydom na Sycylii, na Morawach, w Mołdawii i w Polsce.
Inkwizytor Od 1426 sprawował funkcję inkwizytora generalnego przeciwko fraticellim, odłamowi zakonu franciszkanów uznawanemu za heretycki przez papiestwo, którego siedziby mieściły się w Marchii Ankońskiej. W 1449 r. wraz z Jakubem z Marchii skazał na śmierć kilkunastu fraticellich w FabrianoH. Ch. Lea, History of the Inquisition of the Middle Ages, Nowy Jork – Londyn 1922, vol. III, s. 175–178;