Następny album, Venus Isle, został wydany dopiero we wrześniu 1996, co oprócz intensywnego koncertowania było spowodowane poświęcaniem dużej ilości czasu na doskonale umiejętności muzycznych oraz problemami osobistymi. Nowe dzieło Johnsona, inspirowane muzyką świata, dowodziło wszechstronności muzyka, który oprócz gry na gitarze zajął się również produkcją, aranżacją, komponowaniem utworów, a także zaśpiewał w niektórych z nich. Album zebrał mieszane recenzje i nie osiągnął sukcesu swego poprzednika (choć przyniósł kolejną nominację do Grammy), co spowodowało, że wytwórnia Capital Records zadecydowała o rozwiązaniu kontraktu.
Punktem zwrotnym w karierze Johnsona okazała się trasa koncertowa G3, trwająca od października do listopada 1996, w której udział wziął również Joe Satriani i Steve Vai. Zapis tej trasy w postaci płyty CD, G3: Live in Concert, ukazał się w 1997 i zdobył status platynowej płyty.
W 1998 Eric Johnson zasiadał w jury zorganizowanego przez magazyn Musician konkursu „Best Unsigned Bands”, wraz z Ani DiFranco, Mobym, Art Alexakis, Keb' Mo' i Joe Perrym.