W 2000 ukazał się album Live and Beyond, nagrany w ramach pobocznego projektu Johnsona o nazwie „Alien Love Child”. Początki tego projektu sięgają 1994, kiedy gitarzysta pracował jeszcze nad Venus Isle. Sporadyczne koncerty spotkały się z pozytywnym odzewem ze strony fanów i zaczęły być organizowane regularnie. Projekt pomógł też Johnsonowi odejść od jego perfekcjonistycznych tendencji. Utwór „Rain” z tego albumu został nominowany do nagrody Grammy w kategorii instrumentalnej.
Album Souvenir (2002) został już wydany przez firmę założoną przez samego Johnsona, Vortexan Records. Rozprowadzany wyłącznie przez internet, przez pierwsze siedem tygodni od opublikowania w serwisie mp3.com został odtworzony 65 tys. razy. Johnson promował album podczas trasy koncertowej w 2003, a rok później – podczas kolejnej trasy, tym razem akustycznej.
W 2005 ukazał się album Bloom – drugie wydawnictwo w założonej przez Steve'a Vaia wytwórni Favored Nations (pierwszym był wspomniany wyżej Live and Beyond). Album został podzielony na trzy części, każda utrzymana w innym stylu muzycznym, przez co artysta chciał pokazać swoją uniwersalność.