W tym samym roku ukazał się na CD i DVD jego koncert z 1998, Austin City Limits oraz płyta DVD z materiałami instruktażowymi dla gitarzystów, The Art of Guitar.
W styczniu 2006 mężczyzna o nazwisku Brian Sparks został aresztowany za podszywanie się pod Johnsona i próbę wyłudzenia gitar i innego sprzętu o wartości 18 tys. dolarów.
We wrześniu 2006 Johnson wziął udział w przedstawieniu teatralnym „Primal Twang: The Legacy of the Guitar”, stanowiącym próbę opowiedzenia 3500-letniej historii gitary. Rok później muzyk zagrał w kolejnej produkcji tej samej firmy, zatytułowanej „Love In: A Musical Celebration” i poświęconej rokowi 1967, często nazywanemu „latem miłości”. Johnson wykonał zestaw utworów Jimiego Hendriksa. Pod koniec 2006 miał miejsce drugi w karierze Johnsona występ w ramach G3 – w Ameryce Południowej, wspólnie z Satrianim oraz Johnem Petruccim.
Materiał z koncertu G3 miał zostać wydany na DVD, Johnson pracował również nad swoim całkowicie akustycznym albumem, jednak obydwa projekty zostały w 2007 odłożone na rzecz nowego albumu studyjnego.