Dziadkiem był Mieczysław Niezabitowski (podczas studiów w Wiedniu wstąpił do Polskich Drużyn Strzeleckich, w których ukończył kurs podoficerski. W chwili wybuchu I wojny światowej w 1914 zgłosił się do Legionów Polskich, a podczas wojny polsko-bolszewickiej walczył jako ochotnikKolekcja Akt Odznaczeniowych Komitetu Krzyża i Medalu Niepodległości, Centralne Archiwum Wojskowe, Warszawa). Prapradziadek Władysław Mysyrowicz miał być hodowcą koni pełnej krwi angielskiej, jednym z pionierów wyścigów konnych na ziemiach polskichWitold Pruski Dzieje wyścigów i hodowli koni pełnej krwi w Polsce, Warszawa 1970, PWRiL.
Mąż Tomasz Tomaszewski jest fotografikiem, córka, doktorka habilitowana sztuk pięknych, adiunktką na Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie.
Kwestia współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa 18 grudnia 2004 w opublikowanym w „Rzeczpospolitej” artykule Prawdy jak chlebaMałgorzata Niezabitowska Prawdy jak chleba, Prószyński i S-ka, Warszawa 2007 Niezabitowska sama ogłosiła, że w Instytucie Pamięci Narodowej znajdują się – jej zdaniem sfałszowane – materiały, świadczące o tym, iż była tajnym współpracownikiem Służby Bezpieczeństwa o pseudonimie „Nowak”, i zapowiedziała złożenie wniosku o autolustrację.