Wkrótce po tym została publicznie oskarżona o współpracę z SB przez polityka i publicystę Krzysztofa Wyszkowskiego.

IPN odmówił jej statusu osoby pokrzywdzonej. Po toczącym się od maja 2005 na wniosek Niezabitowskiej postępowaniu lustracyjnym w jej sprawie 11 czerwca 2006 sąd lustracyjny uznał, iż Niezabitowska nie była tajną współpracownicą SB. Kolejny uniewinniający wyrok w tej sprawie zapadł 11 stycznia 2007. Sąd Apelacyjny w Warszawie w uzasadnieniu wyroku uznał m.in., że „Małgorzata Niezabitowska została zarejestrowana bez swojej wiedzy jako tajny współpracownik. Mimo że odmawiała spotkań z SB, prowadzący ją funkcjonariusz pisał raporty z tych spotkań. Znalazły się w nich informacje m.in. z podsłuchów założonych w jej mieszkaniu”. Po apelacji wniesionej przez IPN sprawa wróciła do sądu pierwszej instancji i była ponownie rozpatrywana.