Selke Trophy.
W sezonie 2001/02 Yzermanowi odnowiła się kontuzja kolana, z którym miał już wcześniej problemy. Mimo iż opuścił 30 spotkań, skończył sezon na 6. miejscu wśród zawodników ze swojej drużyny z 48 punktami i poprowadził Wings do kolejnego Pucharu – trzeciego w ciągu sześciu lat i dziesiątego w historii zespołu.
Po sezonie Yzerman miał bardzo poważną operację, podczas której został odcięty spory kawałek jego prawego piszczela i wstawiona została kość od dawcy. Miało to na celu zmianę ustawienia prawego kolana i odciążenie nacisku na ścięgna. Po tym zabiegu powrót do czynnej kariery hokejowej wydawał się mało prawdopodobnySports Illustrated: Yzerman – A Salute to Stevie Y. Jednak, po opuszczeniu 66 meczów w sezonie 2002/03, Yzerman wrócił na lód 27 lutego 2003 roku i od razu zanotował asystę.
2 sierpnia 2005 roku Yzerman podpisał jednoroczny kontrakt z Red Wings i w kolejnym sezonie, 31 marca 2006 roku zdobył bramkę numer 691 w swojej karierze i wyprzedził Mario Lemieux na ósmym miejscu w tabeli wszech czasów. Następny gol był ostatnim w jego karierze. Zdobył go 3 kwietnia tego samego roku w meczu przeciwko Calgary Flames. 3 lipca 2006 ogłosił zakończenie kariery zawodniczej.