Misja metodystyczna dysponowała ogromnymi środkami finansowymi i zatrudniała setki pracowników, za co początkowo polskie władze wyrażały ogromną wdzięczność. Gdy jednak okazało się, że misja ma przede wszystkim charakter religijny (organizuje metodystyczne parafie i przeprowadza nabożeństwa) władze zaczęły ograniczać działalność metodystów. Po kilku latach zasoby finansowe zmniejszyły się na skutek światowego kryzysu ekonomicznego, i w pierwszej połowie lat 30. pomoc charytatywna świadczona przez metodystów musiała ulec ograniczeniu. Z tego też względu w 1933 roku ośrodek w Klarysewie wydzierżawiono katolickiej instytucji charytatywnej, Domowi ks. Boduena.
W roku 1924 grupa metodystów liczyła ok. 600 wyznawców (najwięcej w okolicach Poznania i Torunia). W roku 1938 było to już ok. 2500 osób. Należeli oni do 14 parafii obsługiwanych przez 15 kaznodziejów. Choć do końca dwudziestolecia międzywojennego metodyści ubiegali się o legalizację działalności religijnej, niechętne im władze nie chciały uregulować ich sytuacji prawnej.