Okres II wojny światowej W 1939 roku po agresji Niemiec na Polskę w wyniku połączenia Metodystycznego Kościoła Episkopalnego, Południowego Metodystycznego Kościoła Episkopalnego oraz Metodystycznego Kościoła Protestanckiego utworzono jeden Kościół Metodystyczny. Połączenie z niemieckimi parafiami umożliwiło legalne działanie Kościoła w warunkach okupacji. Legalizację na terenie Generalnego Gubernatorstwa Kościół Metodystyczny uzyskał 22 kwietnia 1941. W roku 1941 po przystąpieniu Stanów Zjednoczonych do wojny z Trzecią Rzeszą internowano amerykańskich duchownych łącznie z superintendentem naczelnym dr. Gaitherem Warfildem (1896–1986). Wówczas superintendentem Kościoła Metodystycznego w Generalnej Guberni został ks. prezbiter Konstanty Najder. Ks. Najder jeszcze w roku 1941 zorganizował parafię w Krakowie. Otwarto Wyższą Szkołę Biblijną w Warszawie, która była jedyną legalną szkołą wyższą w Generalnym Gubernatorstwie. Organizowano prelekcje, koncerty i wykłady. W okresie wojny Kościół Metodystyczny nie utracił zdolności działania, a nawet się rozwijał.