Grupie tej przeciwstawiała się „grupa komitetowa”, w której znaleźli się duchowni związani z Komitetem Wykonawczym, reprezentująca środowiska konserwatywne, powiązana z amerykańskimi współwyznawcami. Urząd do Spraw Wyznań uznawał Kościół metodystyczny jako element wrogi. Natomiast wsparcie UdSW udzielane „pastorom demokratom” miało na celu skompromitowanie Kościoła Metodystycznego na Zachodzie i odcięcie go od płynącej stamtąd pomocy materialnej, co miało doprowadzić do upadku Kościoła.
Po przemianach roku 1956 władze wyjęły Kościół metodystyczny z polityki likwidacyjnej. Jednakże wcześniejsza polityka władz wobec Kościoła metodystycznego, jak również liczna emigracja do Niemiec i Stanów Zjednoczonych doprowadziły do znacznego spadku liczby wiernych w całym kraju. Na początku 1952 roku Kościół liczył 16 177 wiernych, w 1961 roku 5311 osób, a w roku 1964 nieco ponad 5000. Przeciw Kościołowi metodystycznemu Służba Bezpieczeństwa prowadziła sprawę obiektową pod kryptonimem „Metody”.