W latach 1945–1948 Kościół na terenie województwa olsztyńskiego, zwłaszcza w powiecie ostródzkim, pozyskał ponad sześć tysięcy wiernych. Krótko po wojnie Kościół liczył ponad 20 tys. wiernych. Władze przewidywały włączenie duchownych metodystycznych w proces repolonizacji mieszkańców Mazur. Rozwój Kościoła na Ziemiach Północnych od roku 1951 hamowały władze państwowe, które planowały likwidację zborów metodystycznych w tym regionie. W ocenie władz rywalizacja między Kościołem Metodystycznym a Ewangelicko-Augsburskim spowalniała proces repolonizacji, wobec czego postanowiono wspierać większy KEA.
W 1949 roku w łonie Kościoła Metodystycznego powstała prokomunistyczna frakcja „pastorów demokratów” na czele z ks. Marianem Lubeckim, której celem było zarządzanie Kościołem. Na początku 1949 roku do opuszczenia Polski zmuszono superintendentów obcokrajowców, obywatela Kanady Edmunda Chambersa i Szweda posiadającego amerykański paszport Wernera Teodora Wickstroma, a później również innych duchownych o amerykańskich korzeniach. W środowisku „pastorów demokratów” Służba Bezpieczeństwa werbowała swoich informatorów. Struktury sekcji trzecich wojewódzkich UBP rejestrowały w roku 1952 kilkunastu informatorów.