W 88 p.n.e. król Pontu Mitrydates VI Eupator najechał i przejął kontrolę nad zachodnią częścią Azji Mniejszej. Większość miast witała go i jego wojska jako wyzwoliciela spod ciężkiej rzymskiej okupacji. Jednak Licyjczycy nie chcieli poddać się królowi Pontu. Ten, niezadowolony rozpoczął oblężenie, jednak w 84 p.n.e. został pokonany przez rzymskie wojska i był zmuszony do wycofania się z Licji.
Podczas wojen o władzę w Republice Rzymskiej, w 42 n.e. kontrolę nad miastem Ksantos spróbował przejąć Marek Juniusz Brutus, jednak i tym razem, tak jak ponad 500 lat wcześniej, mieszkańcy woleli popełnić masowe samobójstwo, niż oddać się w ręce Brutusa. Następnie Brutus został pokonany przez rzymskie wojsko Marka Antoniusza, który pozwolił Licyjczykom na niepodległość.
Licja była wówczas jedynym regionem Azji Mniejszej, który utrzymał niepodległość. Następni cesarze nie próbowali zagarnąć Licji, aż do Klaudiusza, który w 43 uczynił z niej prowincję Cesarstwa Rzymskiego pod nazwą Lycia et Pamphylia. W tym czasie Licja została zromanizowana, spadło znaczenie Federacji Licyjskiej, ale czasy rzymskie to również czas bogactwa wielu mieszkańców.