Kaplica w prawym ramieniu transeptu początkowo była poświęcona Zmartwychwstaniu, dawny obraz z ołtarza autorstwa Giovanniego Baglione znajduje się w Luwrze w Paryżu. Obecnie kaplica ta dedykowana jest św. Franciszkowi Ksaweremu. Została ona wyposażona w latach 1674–1678 przez Giacomo Della Porta według projektu Pietro da Cortona. Na ołtarzu znajdują się cztery korynckie kolumny z czerwono-białego marmuru wspierające fronton, w który wstawiono płaskorzeźbę Apoteoza św. Franciszka Ksawerego. Obraz w ołtarzu przedstawia Śmierć św. Franciszka Ksawerego, jest to dzieło Carlo Maratta. Relikwiarz na ołtarzu z pozłacanego brązu zawiera prawe ramię świętego, sprowadzone do Rzymu w 1614 roku. W sklepieniu są trzy panele freskowe autorstwa Giovanniego Andrei Carlone. W centrum znajduje się Apoteoza św. Franciszka Ksawerego, po prawej stronie święty chrzci hinduską damę, a po lewej odzyskuje krucyfiks od kraba (podczas burzy w drodze do Malakki krucyfiks wypadł za burtę, natomiast po wylądowaniu święty spotkał na plaży kraba trzymającego zagubiony krzyż).
Kaplica Najświętszego Serca