Kaplica Najświętszego Serca jest jedną z dwóch małych okrągłych kaplic przy prezbiterium, które zostały dodane do planu Vignoli przez Giacomo della Porta. Kaplica ta znajduje się po prawej stronie. Dawniej była ona dedykowana św. Franciszkowi z Asyżu, patronowi generała zakonu jezuitów św. Franciszka Borgiasza, który zlecił urządzenie kaplicy. Po zmianie dedykacji kaplicy, została ona ponownie urządzona przez Aristide Leonori w 1920 roku. Freski kopuły to dzieło Baldassare Croce z 1599 roku, zostały one przeniesione z krypty kaplicy świętych Abundiusza i Abundancjusza. Przedstawiają one czterech ewangelistów i czterech doktorów Kościoła (św. Augustyna, Grzegorza, Ambrożego i Hieronima). Obraz w ołtarzu Najświętsze Serce Jezusa został wykonany przez Pompeo Batoni w 1767 roku. Wcześniej obraz ten znajdował się na ołtarzu kaplicy św. Franciszka Ksawerego, ale został tu umieszczony w 1920 roku, kiedy to zastąpił obraz Św. Franciszek otrzymujący stygmaty.
Kaplica św. Franciszka Borgiasza