Został tym samym pierwszym alpejczykiem w historii, który zdobył medale we wszystkich pięciu konkurencjach podczas tych samych mistrzostw świata. Większość sezonu 1999/2000 jednak stracił, zmagając się z problemami z oddychaniemThe Norway Post: Illness rules out Kjus for important races . Wystąpił w zaledwie kilku zawodach Pucharu Świata, najlepszy wynik osiągając 28 listopada 1999 roku w Vail, gdzie był trzeci w supergigancie. W klasyfikacji generalnej zajął 53. miejsce.
Do pełni formy wrócił w sezonie 2000/2001, który ukończył na trzecim miejscu. W klasyfikacji generalnej wyprzedzili go jedynie Austriacy Hermann Maier i Stephan Eberharter. Sześciokrotnie stawał na podium, przy czym 21 stycznia 2001 roku w Kitzbühel był najlepszy w kombinacji. Był też drugi w gigancie 17 listopada w Park City, supergigancie 26 listopada w Lake Louise i zjeździe 2 grudnia w Vail oraz trzeci w zjeździe 25 listopada w Lake Louise i 2 marca w Kvitfjell. Dało mu to zwycięstwo w klasyfikacji kombinacji i piąte miejsce w zjeździe. Mistrzostwa świata w Sankt Anton w 2001 roku były pierwszą imprezą międzynarodową od jedenastu lat, z której wrócił bez medalu. Najlepszy wynik osiągnął tam w supergigancie, który ukończył na czwartej pozycji. W walce o brązowy medal lepszy o 0,04 sekundy okazał się Hermann Maier.