W 1997, już po trzech kolejkach nowego sezonu, 46–letni van Marwijk zastąpił Pima Verbeeka na stanowisku trenera Fortuny Sittard, grającej w Eredivisie. Na jego angażu miały zaważyć staż, który odbył wcześniej w tym klubie, oraz rekomendacja Verbeeka, który został przeniesiony na stanowisko dyrektora technicznego. Wcześniej van Marwijk był rozważany jako kandydat na trenera AZ Alkmaar. „Van Marwijk to pasjonat futbolu. Jest uczciwy i szczery. To jeden z najlepszych trenerów, jakich spotkałem.”—Patrick Paauwe – piłkarz Fortuny SittardTelegraaf.nl: Beenhakker maakt per 1 juli 2000 plaats voor Bert van Marwijk (Dostęp 28 czerwca 2012) Holender dokończył z Fortuną rozgrywki 1997–1998, po których klub był siódmy w tabeli, co umożliwiło mu start w Pucharze IntertotoRSSSF.com: Netherlands 1997/98 (Dostęp 28 czerwca 2012). Podopiecznym van Marwijka udało się wyeliminować Worskłą Połtawę (3:0 i 2:2), ale w półfinale ulegli Austrii Wiedeń (2:1 i 1:3)RSSSF.com: UEFA Intertoto Cup 1998 (Dostęp 28 czerwca 2012).