W dwu kolejnych sezonach Fortuna zajmowała odpowiednio dziesiąte (1998–1999RSSSF.com: Netherlands 1998/99 (Dostęp 28 czerwca 2012)) i dwunaste (1999–2000RSSSF.com: Netherlands 1999/2000 (Dostęp 28 czerwca 2012)) miejsce w lidze, ale największym osiągnięciem z tego okresu jest finał Pucharu Holandii 1999, w którym zagrała po raz pierwszy od 1984. Klub z Sittard po drodze pokonał m.in. PSV Eindhoven (3:1), FC Emmen (3:1) i FC Twente (5:2). W fazie pucharowej rozgrywek piłkarze w pięciu meczach strzelili aż szesnaście bramek. W finale przegrali 0:2 z Ajaksem AmsterdamRSSSF.com: Netherlands Cup (Amstel Cup) 1998/99 (Dostęp 28 czerwca 2012).
Wśród podopiecznych van Marwijka w Fortunie byli zaczynający kariery przyszli reprezentanci Holandii: Mark van Bommel, Wilfred Bouma, Kevin Hofland i Patrick Paauwe oraz Ghanijczyk Matthew AmoahNationalFootballTeams: Fortuna Sittard (1997-2000) (Dostęp 5 maja 2012).