Od 1935 roku wykładał na Kursach Oficerów Podwodnego Pływania. W 1936 roku ukończył Oficerski Kurs Taktyczny.

Uczestniczył w budowie ORP „Orzeł” w Holandii. Wówczas jego reputację nadszarpnął ujawniony romans z luksusową prostytutką, z tytułu którego jednak nie wyciągnięto konsekwencji służbowych, tuszując sprawę. Z tego powodu w późniejszych latach sugerowano, że mógł zostać przy tej okazji zwerbowany przez wywiad któregoś z wrogich państw. Zdaniem niektórych autorów, na pozycję Kłoczkowskiego mogło mieć wpływ to, że był zięciem wpływowego komandora Witolda Zajączkowskiego. Po ukończeniu okrętu został jego pierwszym dowódcą w lutym 1939 roku.

Okres II wojny światowej Początek wojny – dowodzenie „Orłem” i internowanie

Niejasne jest zachowanie Kłoczkowskiego w czasie kampanii wrześniowej. Noc z 31 sierpnia na 1 września 1939 roku część oficerów okrętu spędziła na lądzie, również Kłoczkowski, ale był to wynik braku precyzyjnych rozkazów od dowództwa Marynarki Wojennej. Niemniej jednak brak dowódcy i części załogi uniemożliwił natychmiastowe opuszczenie Gdyni. W dodatku, gdy się to w końcu udało, „Orzeł” – jako jedyny z pięciu okrętów podwodnych – do wyznaczonego sektora dotarł w położeniu nawodnym.