Od pierwszego dnia wojny Kłoczkowski skarżył się na nieokreśloną chorobę żołądka, wynikającą według niego prawdopodobnie z zatrucia pokarmowego w kasynie na lądzie – miał nudności, przestał jeść w mesie i przyjmował jedynie herbatę. Próbował leczyć się sam chininą, która mogła powodować zaburzenia równowagi.
3 września na skutek rozkazu z Dowództwa Floty zbliżenia „Orła” do Gdańska, zinterpretował go jako rozkaz wyjścia ze swojego sektora. Następnie skierował okręt na północ, tłumacząc swoje postępowanie „wypędzeniem” okrętu przez ataki niemieckich ścigaczy okrętów podwodnych, czego nie wykazało późniejsze postępowanie sądowe.
ORP „Orzeł” przeszedł w rejon Gotlandii, gdzie nie toczyły się walki i nie znajdowały się żadne inne jednostki. W tym okresie, od około 5-6 września objawy chorobowe Kłoczkowskiego nasiliły się znacząco w sposób widoczny. Był osłabiony, skarżył się na zamroczenie i gorączkę, a nocami podczas wynurzania wychodził na pokład i mówił niezrozumiale. Część oficerów twierdziła następnie, że uważali objawy za symulowane i że słyszeli o tym, że podoficerowie potajemnie dostarczali mu jedzenie do kabiny. Ewentualnie podejrzewano załamanie nerwowe dowódcy. Współcześni autorzy przypuszczają, że również osłabienie z głodu mogło doprowadzić do zaburzeń psychicznych.