Z powodu choroby lub jej symulacji dalsze dowodzenie okrętem stawało się niewykonalne.
Po wynurzeniu dnia 5 września Henryk Kłoczkowski nawiązał łączność z dowództwem Marynarki Wojennej i uzyskał zgodę przejścia na szlaki komunikacyjne między Prusami a resztą terytorium III Rzeszy w celu dokonania napraw okrętu oraz podjęcia dalszej walki. Dopiero 10 września w nocy z pokładu ORP „Orzeł” Kłoczkowski wysłał meldunek do Dowództwa Floty na Helu z informacją o swoim stanie zdrowia.
11 września w nocy Kłoczkowski wysłał kolejny meldunek o treści „osłabienie nie mogę dowodzić”. Zgodnie z otrzymanym w odpowiedzi rozkazem Dowództwa Floty okręt miał ostrożnie powrócić do Helu celem wymiany dowódcy albo Kłoczkowski miał opuścić okręt w neutralnym porcie i zdać okręt zastępcy dowódcy. Część oficerów proponowała mu zejście w łodzi na szwedzką Gotlandię lub wysadzenie na szwedzki statek, ale Kłoczkowski zdecydował skierować okręt do Tallinna w Estonii. Sam Kłoczkowski wyjaśniał, że nie chciał opuścić dowództwa okrętu, uważając to za hańbiące, ale miał nadzieję na zasięgnięcie w Tallinnie porady lekarskiej i powrót na „Orła”.