Nowy hospodar złożył przysięgę wierności Zygmuntowi Augustowi. Jednak król nie był zadowolony z działań hetmana, albowiem obawiał się, że jego samowolne działania mogą sprowadzić wojnę z Turcją na Polskę. Na szczęście udało się uniknąć konfliktu, a Jan Sobieski kontynuował służbę wojskową, zwalczając Tatarów. Pod koniec życia wziął udział w wojnie o Inflanty przeciwko Iwanowi Groźnemu. Zmarł w trakcie kampanii w roku 1564. Jan, małżonek Katarzyny Gdeszyńskiej, miał trzech synów, spośród których największą karierę osiągnął Marek Sobieski, dziadek Jana III Sobieskiego.

Marek Sobieski odziedziczył zarówno talenty militarne swojego ojca, Jana, jak i osiągnięcia ekonomiczne swojego dziadka. Dzięki temu połączeniu zdolności, Marek odniósł sukcesy zarówno w dziedzinie wojskowości, jak i gospodarki. Jego osiągnięcia militarne oraz umiejętność zarządzania majątkiem przyczyniły się do wzmocnienia pozycji rodziny Sobieskich. Urodził się około 1549 lub 1550 roku, szybko znalazł wpływowych protektorów, którzy przyspieszyli jego karierę. Jednym z nich był Jan Zamoyski, wschodząca gwiazda polskiej polityki, który w 1576 roku wprowadził Sobieskiego na dwór nowo wybranego króla Stefana Batorego.