Wznoszono go w dwóch fazach. Najpierw postawiono prezbiterium i północną nawę boczną (pierwotnie niższą). W fazie drugiej ukończono budowę całego korpusu nawowego wraz z wieżą północną. Wieżę południową pozostawiono niedokończoną. W wiekach następnych nie dokonano większych przebudów, które by zakłóciły gotycki charakter świątyni i wrażenie stylistycznej jednolitości. Jedynie w 1560 roku dobudowano kaplicę Matki Boskiej Bolesnej Chełmińskiej z fundacji kasztelana chełmińskiego Jana Niemojewskiego i jego żony Katarzyny Kostczanki, h. DąbrowaJerzy Antoni Kostka, Kostkowie herbu Dąbrowa. Koszalin 2010, , s. 83, 258, 259, 280, 281 i 282 (dawna kaplica grobowa Niemojewskich), a w końcu XVII wieku kaplicę Bożego Ciała oraz w 1706 roku kruchtę południową.
Częściowe odnowienie kościoła nastąpiło w okresie 1659–1660. Powstał wówczas także barokowy wystrój kaplicy Bożego Ciała. Nad prezbiterium dobudowano sygnaturkę. W końcu XIX wieku przeprowadzono natomiast poważne prace naprawcze nadszarpniętych zębem czasu murów, w szczególności w obrębie najwyższej kondygnacji wieży północnej, uszkodzonej w 1724 roku.