U narożach zewnętrznych u styku korpusu i prezbiterium znajdują się kaplice, z których północna jest pozostałością niedokończonej wieży. Charakterystyczne dla bryły kościoła jest to, że nawy boczne przykryte są poprzecznymi dachami dwuspadowymi, osłoniętymi trójkątnymi szczytami. Jest to rozwiązanie stosowane na ziemiach państwa zakonnego (do dzisiaj takie dachy są zachowane w kościele parafialnym w Ornecie), a także na Śląsku (Kolegiata Świętego Krzyża i św. Bartłomieja we Wrocławiu). W kościele znajduje się wysokiej klasy gotycki wystrój rzeźbiarski, na który składają się figury apostołów przy filarach od strony nawy głównej oraz zworniki sklepienne. Są tu również cenne malowidła ścienne z końca XIV w. (gotyckie przedstawienie św. Krzysztofa w nawie bocznej, przykryte częściowo barokową wizją Boga). Gotlandzka chrzcielnica o formach późnoromańskich została wykonana około 1350‒1375. Bogate nowożytne wyposażenie wnętrza pochodzi przeważnie z XVII i XVIII w., wyróżniają się epitafia z końca XVI–XVIII w., w jednym z nich portret trumienny Marcina Kossendy z 1705. W kaplicy na przedłużeniu bocznej nawy północnej sanktuarium MB Bolesnej (tzw. Chełmińskiej), z obrazem koronowanym za zgodą papieża Benedykta XIV 22 maja 1754 r. W antependium i predelli ołtarza tej kaplicy zespół srebrnych plakietek wotywnych z XVII–XVIII w.