Jednocześnie, wiedząc o brytyjskiej ekspansji w Sudanie, Mutesa życzliwe przyjmował chrześcijańskich misjonarzy, starając się równoważyć obce wpływy. Pierwszymi Europejczykami, którzy dotarli do Bugandy byli brytyjscy podróżnicy poszukujący źródeł Nilu: John Hanning Speke (1827–1864) i James Augustus Grant (1827–1892), którzy pojawili się na dworze Mutesy w 1862 roku. Na dwór jako pierwszy dotarł Speke, do którego po 5 miesiącach dołączył Grant, który musiał wyleczyć ranną nogę. Następnie, w 1875 roku do Bugandy przybył Henry Morton Stanley (1841–1904), którego Mutesa zachęcił do przysłania misjonarzy chrześcijańskich. Misjonarze protestanccy pojawili się na dworze Mutesy w 1877 roku, a w 1879 roku przybyli misjonarze katoliccy. Mutesa zaczął skłaniać się ku chrześcijaństwu, a w 1876 roku dokonał egzekucji tych poddanych, którzy obstawali przy islamie i opowiadali się przeciwko władcy. Wkrótce jednak doszło do głębokich dysput pomiędzy misjonarzami a Arabami z Zanzibaru, a także pomiędzy samymi misjonarzami. Mutesa pobierał nauki katolickie, potem chciał się ochrzcić u protestantów, później u katolików, przez cały czas studiując koran. Misjonarze nie przynieśli Mustesie spodziewanych korzyści w postaci broni i towarów europejskich, nie udało im się również wyleczyć władcy z rzeżączki.