Ulgi w chorobie nie przynieśli mu również tradycyjni uzdrowiciele. Ostatecznie Mutesa nie wybrał żadnej z czterech religii – ani tradycyjnych wierzeń pogańskich, ani islamu, ani protestantyzmu czy katolicyzmu.
Współpracując z misjonarzami, Mutesa przyczynił się do rozwoju szkolnictwa w swoim państwie. Chociaż Mutesa był przeciwny Europejczykom, ze względu na zagrożenie własnej władzy, a także z powodu potępienia przez misjonarzy praktykowanej w kraju poligamii, nie powstrzymał wzrostu wpływu mocarstw europejskich na wewnętrzne sprawy Afryki. Dystansował się od kultury Europy Zachodniej, chętnie natomiast używał jej technologii i dóbr materialnych w celu wzmocnienia swej dominacji na terytoriach wschodnioafrykańskich.
Za rządów Mutesy Buganda stała się najsilniejszym królestwem regionu, a Mutesa uważany jest za jednego z najwybitniejszych władców Bugandy.
Mutesa sprawował rządy despotyczne, uważał się za pana życia i śmierci swoich poddanych: gdy po raz pierwszy zobaczył broń palną przywiezioną przez zagranicznych podróżników, przetestował ją na jednym ze współplemieńców. Podobny sposób rządzenia i zachowania przejawiał również jego syn i następca Mwanga II.