Po samobójczej śmierci męża (9 sierpnia 1931) prowadziła jego przedsiębiorstwo księgarskie. Po wybuchu II wojny światowej przekazała wszystkie akcje spółki Annie Żeromskiej, wdowie po Stefanie Żeromskim, i Henrykowi Nikodemskiemu. Przez całą wojnę wraz z córką Hanną Olczak ukrywała się po aryjskiej stronie. W czasie powstania warszawskiego księgarnia i wydawnictwo uległy całkowitemu zniszczeniu. W 1945 przedsiębiorstwo zostało reaktywowane w Krakowie. Mortkowicz prowadziła je w utrudnionych warunkach wraz z córką do 1950. Po wojnie udało im się odnaleźć wnuczkę Mortkowicz, która została uratowana m.in. przez siostry niepokalanki. W tym okresie Janina Mortkowicz kierowała krakowskim oddziałem wydawnictwa Książka.
Została pochowana na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera FD-7-10). Jest symbolicznie upamiętniona na grobie męża na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie (kwatera 31, uliczka 7)Symboliczny grób Janiny Mortkowiczowej w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej w Warszawie..
Życie prywatne Urodziła się w Warszawie w rodzinie żydowskiej jako wnuczka naczelnego rabina Wiednia Lazara Horwitza (ur. 14 stycznia 1804, zm. 11 czerwca 1868).