Stacja Gdynia Główna ma 5 peronów połączonych przejściami podziemnymi. Peron 1 jest w pełni zadaszony, natomiast pozostałe perony mają zadaszenie rozczłonkowane na trzy części: zejścia do przejścia podziemnego oraz dwie, przeszklone, ok. 50-metrowe wiaty peronowe. Perony położone są między budynkiem dworca przy pl. Konstytucji a ul. Morską, przy czym numerowane są od strony budynku.
Peron 1 (wysoki) obsługuje ruch pociągów SKM, przy czym po torze od strony dworca przebiegają pociągi w kierunku Wejherowa, zaś po torze od strony ulicy Morskiej – pociągi w kierunku Gdańska. Perony 2 i 3 (po zakończeniu modernizacji wysokie) zazwyczaj obsługują pociągi dalekobieżne przyjeżdżające od strony Gdańska. Perony 4 i 5 (wysokie) zazwyczaj obsługują pociągi dalekobieżne przyjeżdżające od strony Wejherowa.
Ruch pociągów Na stacji tej rozpoczyna i kończy bieg większość pociągów dalekobieżnych z głębi kraju w kierunku Trójmiasta, a także do miejscowości wypoczynkowych. Stacja Gdynia Główna jest ponadto początkową dla regionalnych pociągów Regio do Helu i do Kościerzyny. Ze stacji tej można dostać się do portu lotniczego w Gdańsku.