Oprócz linii dalekobieżnej, przez Gdynię Główną przebiegają także trasa trójmiejskiej SKM – dla pociągów podmiejskich Gdynia Główna jest zazwyczaj stacją przelotową. Pociągi od strony Gdańska w godzinach szczytu kończą bieg na stacjach Gdynia Chylonia albo Gdynia Cisowa, lub też jadą dalej w stronę Rumi, która jest ostatnią stacją linii 250. Następnie pociągi korzystają z linii PLK nr 202 i ze zmniejszoną częstotliwością kursują do Wejherowa i Lęborka.
Połączenia Z Gdyni Głównej pociągiem można dojechać praktycznie do każdej części kraju:
W kulturze mały|Obracany rozkład jazdy Gdynia Główna Osobowa została wykorzystana przy kręceniu odcinka 4. Stawka większa niż życie. Posłużyła za dworzec Istanbul Sirkeci. Konkretnie wyjście w stronę dworca podmiejskiego i wyjście w stronę Placu Konstytucji. W filmie Czarny czwartek tunel pod Gdynią Główną pomógł manifestantom z ciałem Janka Wiśniewskiego ominąć wojskową blokadę do ŚródmieściaW roli głównej Gdyni Główna.