U podgatunku z Pasubio większość osobników wytwarza kompleksy irydoforów i ksantoforów, jednak niektóre są ich pozbawione. S. a. atra w ogóle rzeczonego kompleksu nie wytwarza, a zauważalne u niektórych osobników ciemnobrązowe plamkowanie stanowi raczej efekt miejscowego braku melanosomów, niż obecności jakichkolwiek innych ciałek barwnikowych. Zmiana zabarwienia przebiegała stopniowo, poprzez zmniejszanie się natężenia żółtego plamkowania, nie mając charakteru gwałtownego. Pozostaje jednak kwestią nierozwiązaną, czy zmiana ta stanowi efekt doboru naturalnego w kierunku melanizmu, czy też przypadkowego dryfu genetycznego podczas plejstoceńskich zmian klimatu. Uważa się, że czarny kolor S. atra nie wiąże się z podobną barwą ciała Salamandra lanzai. Najbliższą krewną salamandry czarnej jest bowiem Salamandra corsica, a nie S. lanzai, której podobne barwa, wielkość i sposób rozrodu stanowią raczej wynik konwergencji.
Budowa ciała thumb|left|Salamandra czarna widziana z przodu, Triglav, Słowenia, 29 czerwca 2007 thumb|left|Salamandra atra aurorae Salamandra czarna mierzy zwykle 10–13, według innych źródeł zaś od 12 do 15, a nawet 16 (nieczęsto) cm długości.