W obrębie gatunku wyróżnia się 3 główne linie. Jako pierwsza oddzieliła się ta prowadząca do podgatunku S. a. aurorae. Stało się to około miliona lat temu. Następnie nastąpił podział reszty na dwie linie: prowadzącą do osobników z Pasubio oraz pozostającą część populacji, umieszczaną w podgatunku nominatywnym i w S. a. prenjensis. Zdarzył się on już po pierwszym podziale, ale prawdopodobnie jeszcze przed ostatnim zlodowaceniem. W jego trakcie obie grupy zawęziły swój zasięg występowania do oddzielnych terenów. Podgatunek nominatywny ponownie dokonał kolonizacji Alp i Gór Dynarskich już po zlodowaceniu.
Sądzi się, że pierwotnie salamandry cechowały się zabarwieniem czarnym w żółte plamy. U dojrzałych płazów kolor taki wynika z obecności naskórkowych ksantoforów czy skórnych irydoforów. Czerń tworzą natomiast naskórkowe i skórne melanofory. Chromatofory takie występują u blisko spokrewnionych z czarną gatunków salamandry. U salamandry czarnej irydofory i ksantofory nie rozwijają się. W efekcie płaz wykazuje jednolicie czarne ubarwienie. Zmiana zajść musiała jeszcze przed wyodrębnieniem się plamkowanego żółto podgatunku S. a. aurorae, jednakże przed rozdzieleniem się linii S. a. atra i S. a. padubiensis. Z biegiem czasu ilość barwy żółtej malała, co doprowadziło do powstania jednolicie czarnych płazów.