28 czerwca Kroll przekazał raport ministrom Samsonowiczowi, Kiszczakowi i Kozłowskiemu, a 12 lipca minister Samsonowicz zwrócił się do ministra Kozłowskiego o ustosunkowanie się do sprawozdania, przewidując „wykonanie wspólnych ustaleń” przez NDAP po otrzymaniu odpowiedzi. Nie zachował się ślad dalszych działań NDAP ani MEN w tej sprawie.
Kontrowersje Poufny dokument z 1992 (opublikowany w niesygnowanej żadnym nazwiskiem publikacji w 1996) określił tryb działania komisji jako „rażące naruszenie form posługiwania się materiałami operacyjnymi”. Według zawartego tam twierdzenia wypowiedzi publiczne członków komisji świadczyły o tym, że mieli dostęp do akt osobowych agentów UB i współpracowników SB.
Krzysztof Wyszkowski i Antoni Macierewicz utrzymywali współcześnie, że członkowie komisji wykorzystali okres dostępu do archiwum MSW do przejrzenia interesujących ich teczek personalnych i zdobycia kompromitujących materiałów na użytek polityczny. Macierewicz powoływał się przy tym na informacje asystujących komisji (według Ajnenkiela nieodłącznie) pracowników MSW, według których członkowie komisji wynosili teczki poza archiwum, a Wyszkowski określał prace komisji „kwerendą” i wskazywał na brak raportów z prac komisji i na niedochowanie procedur dostępu do tajnej dokumentacji.