Dzięki Kwapińskiemu po rozłamie w Polskiej Partii Socjalistycznej, w Łodzi powstała PPS – Frakcja Rewolucyjna.
19 grudnia 1906, w dzień imienin cara, dowodził zamachem bombowym na oberpolicmajstra Łodzi Chrzanowskiego. Po tej akcji zdekonspirowany opuścił Łódź. Został skierowany do okręgu w Częstochowie rozbitego przez prowokatorów. Organizował tam akcje ekspropriacyjne. Po napadzie na sklep monopolowy we Włodowicach niedaleko Zawiercia, 23 kwietnia 1907 oddział Organizacji Bojowej PPS Frakcji Rewolucyjnej został zaatakowany przez policję i tłum chłopów namówionych do pościgu. Jan Kwapiński osłaniał odwrót oddziału. W obawie przed przypadkowymi ofiarami, nie użył broni i został ujęty i ciężko pobity.
Więzienie i katorga Przewieziony do szpitala w Zawierciu, a następnie więziony w Będzinie i Piotrkowie. Wówczas ukrył swoją tożsamość i podał fałszywe nazwisko „Jan Kwapiński”. 27 listopada 1907 został osadzony w X pawilonie Cytadeli Warszawskiej.