Decyzję o niezawieszeniu duchownego w czynnościach tłumaczono odległością czasową od zarzucanych mu czynów i brakiem bezpośredniego zagrożenia w związku z niepodejmowaniem przez niego pracy z małoletnimi. 8 grudnia 2017 papież Franciszek przyjął jego rezygnację z urzędu biskupa diecezjalnego warszawsko-praskiego.
W strukturach Konferencji Episkopatu Polski został przewodniczącym Zespołu Ekspertów ds. Bioetycznych, wszedł w skład Komisji Duszpasterstwa, Komisji ds. Misji i Rady ds. Rodziny, a w 2014 został wybrany do Rady Stałej jako biskup diecezjalny. Objął ponadto funkcję członka Rady Fundacji „Dzieło Nowego Tysiąclecia”.
4 lipca 2009 Benedykt XVI mianował go konsultorem Kongregacji ds. Ewangelizacji Narodów. W tym samym roku decyzją papieża został mianowany uczestnikiem zgromadzenia specjalnego II Synodu dla Afryki. W 2015 wziął udział w synodzie biskupów na temat rodziny. W 2017 papież Franciszek zlecił mu udanie się do Medziugoria w charakterze specjalnego wysłannika Stolicy Apostolskiej w celu rozpoznania sytuacji duszpasterskiej i potrzeb pielgrzymów, a także wskazania ewentualnych inicjatyw duszpasterskich do podjęcia w przyszłości. 31 maja 2018 został mianowany przez papieża Franciszka wizytatorem apostolskim o charakterze specjalnym dla parafii w Medziugoriu.