Od XIII w. istniało na terytorium dzisiejszego Brunei małe państwo malajskie, którego władcy w XV w. przyjęli islam. W 1363 roku Alak Betatar został pierwszym sułtanem Brunei i przyjął imię Muhammad Shah. Pochodząca z 1365 roku Nagarakretagama autorstwa Mpu Prapancy wspomina Brunei – wówczas Buruneng – jako państwo wasalskie imperium Majapahitu. Źródła chińskie z 1370 roku wspominają o trybucie przysłanym Chinom przez Muhammada Shaha. W 1402 roku drugim sułtanem Brunei został Abdul Madżid Hassan. W 1405 roku Brunei odwiedził podczas swojej podróży po regionie chiński admirał Zheng He (1371–1433). W 1408 roku tron objął sułtan Ahmad, po którym władzę sprawowali kolejno Szarif Ali (panujący w latach 1426–1432) i Sulajman (panujący w latach 1432–1485). Okres panowania 6. sułtana Bolkiaha w latach 1485–1524 określany jest mianem „złotego wieku” Brunei.
XVI–XX wiek W 1521 roku w Brunei, podczas wyprawy Ferdynanda Magellana (1480–1521), kronikarz wyprawy Antonio Pigafetta (1491–1534) odwiedził dwór sułtana Bolkiaha.