W 1524 roku sułtanem został Abdul Kahar (panujący w latach 1524–1530), a portugalski kapitan Malakki Afonso de Albuquerque (1453–1515) przysłał do Brunei misję, po czym w 1526 roku Portugalczycy podpisali z Brunei traktat handlowy.
14 kwietnia 1578 roku Brunei zaatakowali Hiszpanie, dowodzeni przez gubernatora Filipin Francisco de Sande (1540–1602), którym udało się zająć stolicę sułtanatu. Musieli jednak się wycofać po wybuchu epidemii. W 1580 roku podjęli kolejna próbę zajęcia stolicy pod dowództwem kapitana Juana Acre de Sadornila, która również się nie powiodła.
W 1661 roku w stolicy wybuchła wojna domowa – Abdul Mubin, sprawujący funkcję bendahary, zabił sułtana Muhammada Alego i zajął tron jako 14. sułtan Abdul Hakkul Mubin.
W 1774 roku do Brunei przybył agent Brytyjskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej, by wynegocjować umowę handlu pieprzem. Wpływy brytyjskie zaczęły się umacniać – powstawały faktorie Kompanii Wschodnioindyjskiej, a w końcu w 1888 roku sułtanat Brunei stał się protektoratem brytyjskim.