W 1807 roku, po śmierci 21. sułtana Muhammada Tadżuddina doszło do kolejnego konfliktu zbrojnego o tron, z którego zwycięsko wyszedł teść zmarłego władcy Muhammad Kanzul Alam. Po odkryciu złóż antymonitu w Sarawaku, Brunei zajęło Sarawak, by czerpać korzyści z handlu tym surowcem z Singapurem. Gubernatorem Sarawaku z ramienia Brunei został Indera Mahkota, który prowadził rządy represji. W 1835 roku wybuchło powstanie w Sarawaku przeciwko okupantowi, którego stłumienie powierzono bendaharze Brunei Mudzie Hassimowi. W 1839 roku Hassim spotkał Brytyjczyka Jamesa Brooke’a (1803–1868), którego poprosił w 1840 roku o wsparcie w walce z rebeliantami, proponując mu w zamian objęcie urzędu gubernatora Sarawaku oraz poparcie dla powrotu Hassima do stolicy. Po stłumieniu rebelii, Brook został mianowany przez Hassima gubernatorem Sarawaku w 1841 roku, a sułtan wydał stosowną nominację w roku 1842.
W latach 1942–1945 kraj był okupowany przez Japończyków. W 1959 roku Wielka Brytania przyznała Brunei częściową autonomię, a w 1971 roku całkowitą autonomię wewnętrzną.
Powstanie w Brunei