Główną rolę odgrywały w nim Stare Miasto Toruń (zwłaszcza burmistrzowie Johann Huxer i Hermann Rusop), Chełmno i Gdańsk oraz średniozamożne rycerstwo Ziemi chełmińskiej, Pomorza Gdańskiego, Oberlandu i Warmii. Do przywódców Związku Pruskiego należeli m.in.: Gabriel, Hans von Baysen i Stibor von Baysen, Hans von Ziegenberg.
Początek działalności
Po pokoju brzeskim w 1435 roku wcześniejszy konflikt stanów pruskich z zakonem zaczął się zaogniać. Zaczęły się także niesnaski między różnymi frakcjami Krzyżaków, w które zaczęły wtrącać się stany, chcące powołać do życia stałą organizację służącą reprezentacji ich praw i interesów. Podstawą aktu erekcyjnego Związku stał się koncept przygotowany przez Radę Starego Miasta Toruń. 14 marca 1440 roku pod aktem związkowym przycisnęło pieczęcie 53 przedstawicieli szlachty, 7 miast hanzeatyckich (Chełmno, Stare Miasto Toruń, Nowe Miasto Toruń, Elbląg, Gdańsk, Braniewo, Stare Miasto Królewiec, Knipawa) oraz 12 mniejszych miast. W ciągu lata do Związku przystąpiły prawie wszystkie miasta i znaczna część szlachty. Od 1453 roku w Toruniu mieściła się siedziba powołanej w tymże roku Tajnej Rady, stałej reprezentacji Związku Pruskiego, składającej się z 8-10 przedstawicieli rycerstwa i wielkich miast.