Największym oparciem Związku były ziemia chełmińska, Gdańsk, Toruń i teren dawnej Pomezanii.
Proces z Krzyżakami thumb|Stany pruskie oddają swe ziemie królowi polskiemu Kazimierzowi Jagiellończykowi i koronie polskiej, 1454 Krzyżacy, odwołując się do sądów papieskiego i cesarskiego, dążyli do osłabienia i rozbicia Związku. Przeciągnęli na swoją stronę Dolne Prusy (na północ od biskupstwa warmińskiego z Królewcem) i oddali część ceł Gdańskowi. W 1451 roku Związek zastanawiał się czy nie dokonać samorozwiązania na tle gróźb cesarza i legata papieskiego biskupa Ludwika de Silves, co mogło zaszkodzić interesom handlowym, jednakże Związek podjął decyzję o dalszej działalności. W związku z naciskiem z zewnątrz Związek Pruski nawiązał intensywne kontakty z wpływowymi wówczas polskimi politykami. W dniu 5 grudnia 1453 roku w Wiedniu cesarz Fryderyk III Habsburg nie wysłuchawszy do końca skarg związkowców wydał wyrok potępiający Związek Pruski i nakazujący jego rozwiązanie, Cesarz nałożył na związek kary pieniężne, oraz wydał wyrok śmierci na 300 członków Związku bez podania konkretnych nazwisk. Wydana też została ekskomunika, nałożona na Związek Pruski na podstawie sfałszowanej bulli papieskiej. Dolne Prusy chciały się podporządkować wyrokowi, jednak Gdańsk, Toruń i rycerstwo chełmińskie były przeciwne.