W sezonie 1987 triumfował w sześciu turniejach singlowych i sześciu deblowych. Trzykrotnie spotykał się w meczach z Lendlem – pokonał go w finale w Key Biscayne, przegrywał w finale w Hamburgu i półfinale French Open. W 1988 na igrzyskach olimpijskich w Seulu pokonał w półfinale Szweda Stefana Edberga (3:6, 6:0, 1:6, 6:4, 6:2), a w finale Amerykanina Tima Mayotte (3:6, 6:2, 6:4, 6:2). Do złota w grze pojedynczej dołożył brąz w deblu, zdobyty w parze z Milanem Šrejberem (w półfinale reprezentanci Czechosłowacji ulegli późniejszym triumfatorom, Kenowi Flachowi i Robertowi Seguso z USA). Ponadto w sezonie 1988 Mečíř osiągnął półfinał Wimbledonu, w ćwierćfinale eliminując Matsa Wilandera, dla którego była to jedyna porażka w Wielkim Szlemie w ciągu roku.
W 1989 Mečíř po raz drugi w karierze doszedł do finału turnieju wielkoszlemowego w grze pojedynczej. W Australian Open zmierzył się ponownie z Lendlem i ponownie nie sprostał Czechowi, tym razem ponosząc porażkę 2:6, 2:6, 2:6. Ponadto w 1989 Mečíř wygrał turniej w Indian Wells, co okazało się jego ostatnim zwycięstwem zawodowym.