Wrócił do Galatasaray i po powrocie osiągał jeszcze więcej. Cztery razy z rzędu wygrał ligę turecką. W latach 1995–2000 zdobył dla swojego klubu siedem bramek w Lidze Mistrzów. Prawdopodobnie najlepszym był mecz z Milanem gdzie rozegrał pełne 90 minut, strzelił bramkę i przy trzecim golu wywalczył rzut karny. Mecz ten nie zagwarantował jednak awansu z grupy, zagrali więc w Pucharze UEFA. Jak się okazało wygrali go, a Hakan był prawdopodobnie najważniejszą postacią zespołu, zdobył aż 6 bramek i 2 asysty w 9 meczach. W finale Galatasaray podejmowało Arsenal, zwyciężając w karnych po bezbramkowym remisie. Şükür wykorzystał jedenastkę.
Kluby za granicą Po bardzo udanych meczach rozgrywek europejskich został wykupiony do Interu Mediolan. Jego występy były ograniczone ze względu na obecność Ronaldo, Vieri'ego i Alvaro Recoby. Mimo wszystko uzbierał w kilku spotkaniach pełne 90 minut. Zadebiutował w przegranym meczu 1-2 z Reggianą notując asystę. Podczas czwartego meczu ligowego z AS Romą zdobył swoją pierwszą bramkę wygrywając tym razem 2-0. Jednak najbardziej rozpoznawalnym trafieniem Hakana był gol w derbowym meczu z AC Milan. Dostał wysokie podanie z za pleców od Clarence'a Seedorfa i pięknym wolejem umieścił piłkę w okienku bramki. Spotkanie to zakończyło się remisem 2-2.