W wyborach generalnych przeprowadzonych w Sudanie między 2 a 17 marca 1996, Baszir został wybrany na urząd prezydenta kraju uzyskując 75,4% głosów w pierwszej turze.
W 1998 roku prezydent Baszir założył wraz z Hasanem at-Turabim partię Kongresu Narodowego. At-Turabi został zawieszony w funkcji przewodniczącego ugrupowania po tym, jak zdołał wprowadzić ustawę ograniczającą władze prezydenta i nawoływał do bojkotu jego reelekcji. W wyborach prezydenckich rozpisanych między 13 a 23 grudnia 2000, Baszir uzyskał reelekcję zdobywając 86,5% głosów. W grudniu 2001 roku Baszir nakazał aresztować Hasana at-Turabiego pod zarzutem próby przejęcia władzy po tym, jak jego nowa partia – Ludowy Kongres Narodowy (PNC), podpisała porozumienie z SPLA. Uwolniony został dopiero w październiku 2003 roku w trakcie rozmów pokojowych mających na celu zakończenie wieloletniej wojny domowej na południu kraju.