14 lipca 2008, główny prokurator Międzynarodowego Trybunału Karnego, Luis Moreno-Ocampo oskarżył Umara al-Baszira o współodpowiedzialność za zbrodnie ludobójstwa podczas toczącego się na południu kraju konfliktu zbrojnego i inspirowanie masakr w zachodniosudańskiej prowincji Darfur oraz złożył wniosek o wysłanie za nim listu gończego. MTK wydał nakaz aresztowania 3 marca 2009Odpowiedzialność prawnomiędzynarodowa jednostki w świetle kazusu O. Al-Bashira, A. Haruna i A. Kushayba.
30 stycznia 2011 w kraju wybuchły antyrządowe manifestacje na fali Arabskiej Wiosny przeciwko złej sytuacji materialnej, pogłębiającemu się kryzysowi związanemu z secesją Sudanu Południowego oraz autorytarnym rządom al-Baszira.
23 marca 2012 Umar al-Baszir został ciężko ranny po tym, jak jego transporter opancerzony ostrzelano z wyrzutni RPG. Ewakuowano go śmigłowcem. Ogłosił, iż to Amerykanie chcieli go zabić.